《明朝那些事》这本小说被许多历史爱好者称为真正的“史书”，而当人们提到《明史》时，会有很多争论和误解。一些人认为《明史》是清朝篡改的，而他们对于明朝的看法总是非常负面。然而，当人们意识到《明朝那些事》的作者并非专业学者时，他们就会搬出权威学者的意见，如毛佩琦教授。在他的讲座中，他提出了关于朱元璋治国方式的一些观点，但这些观点在细节上存在错误。
例如，毛佩琦教授在一次讲座中说，明朝官员的考核由吏部和督察院负责，这是一个不准确的事实。还有，在另一本著作中，他提到了帖木儿国向洪武年间的大明王朝纳贡，这显然是不可能的事情，因为洪武年间之前，大明王朝还未建立。
与此同时，有些历史人物如隋炀帝杨广，其开创大运河、连接黄河长江流域经济区的事迹，却常常被低估或曲解。而毛佩琦教授在演讲中提到的某些事件，如中国疆域“空前广阔”等，也存在着硬伤错误。
历史上的中国版图曾经经历了多次扩张和收缩，比如秦汉时期达到300万平方公里，再到西晋南北朝时期达350万平方公里，然后又到了宋元时代缩小至353万平方公里，最终在清代达到1300.6万平方公里。但这些丰富而复杂的地理发展往往被简化或误解了。此外，还有关于特定历史事件或者人物性格描述的问题，比如对隋炀帝所谓“血流成河”的评价，并非全无根据，而只是不同人的不同的理解角度。
