任何一个朝代的覆灭，原因复杂多样，但往往是由内在因素所推动。明末的衰落，可以说是一场由深层次社会结构问题和政治体制缺陷引发的人为灾难。首先，经济基础的削弱是明朝灭亡的一个重要原因。在明朝时期，国家对盐业垄断造成了暴利，这导致税收收入远不如清、两晋时期，而盐商们积累了大量财富。这一切都是由于官员腐败和无能造成的，他们无法有效管理国家财政，更不用提如何处理好与藩王之间的关系。
明朝时期，宗室数量众多，但国家财政不足以养活他们，这些宗室成员没有进行生产活动，只知吃国库之资。这种情况下，即便有钱，也无法保证国库充裕。这源于朱元璋本人文化水平有限，没有制定出长远政策来治理国家，从而注定了后来的命运。而建文帝更是冒失地削藩，使得朱棣能够夺取皇位。
教育制度也是一个关键问题。在科举制度下，大部分人才都被束缚在传统儒家学说的框架内，没有鼓励新的思想和学科的发展，因此自然科学等领域也受到了抑制。此外，由于人们思维僵化，不愿意从实际出发解决问题，因此未能从根本上解决社会矛盾。
最后，从根源上讲，中国缺乏像亚里士多德这样的启蒙者，他可以引导人们走向理性思考。但百家争鸣中，每个“百家”都只关注治人的方法，并没有真正探索到人类智慧和科学知识的大门开启的问题。因此，我们必须承认，在历史进程中，有些错误选择或缺失，对整个中华文明产生了深远影响。
