元朝末年的黑暗与百姓的不满，催生了历史上一系列起义。最著名的是郭子兴领导的起义，他后来成为明太祖朱元璋的军事盟友。在多年的征战中，朱元璋逐渐掌握大权，并在1368年登基建立明王朝。这标志着汉族重新统治中国的大一统时代开始。
明王朝持续了276年，有16位皇帝，他们都有自己的陵墓，其中13座陵墓集中在北京市天寿山麓，这就是著名的明十三陵。这些陵墓分别属于：成祖、仁宗、宣宗、英宗、宪宗、孝宗、武宗、世宗穆宗神宗光熹思宗这12位皇帝，以及未被列入官方纪录中的3位皇帝。
实际上，未葬于明十三陵的是前三任皇帝：太祖（建国初期）、惠宗（靖难之役失败者）以及代宗（被废为郕王）。太祖和惠宗由于先于建造十三陵而去世，所以他们安葬于南京紫金山下的孝陵和景泰公主祁钰娘娘墓。而代宗则被废黜后软禁，在死后安葬于北京玉泉山北麓景泰公主祁钰娘娘墓。
因此，“明十六位皇帝还有三位葬在哪儿了？”的问题答案是：除了位于天寿山麓的明十三陵外，还有三个别处安息的地方——南京紫金山下的孝陵和景泰公主祁钰娘娘墓，以及北京玉泉山北麓景泰公主祁钰娘娘墓。
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