在朱元璋即位后，明朝经历了一个相对和平的统一时期，他通过一系列的改革措施巩固了自己的权力，并且推动了农业生产和手工业发展。然而随着时间的推移，明朝开始出现了一系列的问题，这些问题最终导致了国家治理出现严重的问题。
首先是政治腐败。朱元璋虽然在登基初期进行了一系列清洗，以消除异己，但随着时间的推移，他开始更加专制，对于贪污腐败的情况睁一只眼闭一只眼。官员们知道皇帝不会严厉打击他们，所以很多人都变得奢侈无度，从而进一步加剧了社会矛盾。
其次是税收制度不合理。在朱元璋时代，为了筹集战争资金和修建皇宫等项目，大量增加了税收，这对于农民来说是一个沉重的负担。同时，由于官僚体系复杂，一部分税收被贪官污吏侵吞，使得实际上征收到的税款远远低于理论上的规定。这不仅影响到政府财政收入，也加深了人民对政府的不满。
再者，是土地兼并问题。在封建社会中土地是经济生活中的主要资源，而由于种种原因，如战乱、自然灾害、借贷等原因，有大量土地被少数富裕阶层所控制，从而形成大地主、小农户分割两极化局面。这不仅削弱了小农户的地位，还使得这些贫困的小农户无法为国家提供足够的人力和物力支持。
此外，还有军事实力的衰落也是重要因素之一。朱元璋建立明朝后，因为长期内忧外患，其注意力更多放在维护中央集权与稳定国内秩序上，而忽视国防建设。此外，由于军队组织方式过于僵化，不适应新情况下的战斗需求，加之缺乏有效的士兵管理策略，最终导致国防力量不足以抵御来自各方威胁。
最后，就是文化思想方面的问题。在朱棣即位后的靖难之役后，一批忠诚旧臣被排挤出去，他们留下的一批文人学者遭受迫害，此举破坏了一定的文化传统与学术研究环境，使得当时正处在鼎盛时期的大文学家如李东阳等人的作品受到限制。而且，由于多年的内战以及连年战争造成的人口流失，知识分子人口减少也影响到了整个社会文化发展水平。
总结来说，在明朝中叶之后，国家治理出现问题，与政治腐败、税收制度不合理、土地兼并、大量内战损耗国力的军事实力衰退以及对文化思想自由性的压抑等多方面因素有关。这些建立起来但又逐渐崩溃的事业体现出中国封建王朝的一个普遍特点：由内部矛盾引发的一系列危机，最终导致帝国覆灭。
